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安装 MNE-C#

系统要求#

MNE-C 可运行于 macOS（10.5 “Leopard” 或更高版本）和 Linux（内核 2.6.9 或更高版本）。32 位和 64 位操作系统均受支持；如有需要，可提供适用于 macOS 的 PowerPC 版本。内存至少需要 2 GB，建议 4 GB 或更多。该软件至少需要 80 MB 磁盘空间。MATLAB 是可选依赖，免费的 MATLAB runtime 即可满足需求。如果未安装 MATLAB，则 mne_convert_mne_data、mne_epochs2mat、mne_raw2mat 和 mne_simu 这些工具将无法使用。

为了生成边界元模型（BEM）网格，以及在 mne_analyze 中调用 tkmedit 程序，MNE-C 需要能够访问一套可正常工作的 FreeSurfer 安装，包括环境变量 FREESURFER_HOME、SUBJECTS_DIR 和 SUBJECT。

macOS

在 macOS 上安装时，还需要：

XCode 开发者工具。
X Window System 图形环境，例如 XQuartz。XQuartz 2.7.9 版应当可以直接使用；最新版本（截至 2019 年 5 月为 2.7.11）可能需要执行以下额外步骤才能正常工作：
```
$ cd /opt/X11/lib
$ sudo cp libXt.6.dylib libXt.6.dylib.bak
$ cd flat_namespace/
$ sudo cp libXt.6.dylib ../.
```
netpbm 库。获取 netpbm 的推荐方式是先安装 Homebrew，然后在“终端”应用中运行 brew install netpbm。或者，如果你更愿意使用 MacPorts，可以在“终端”应用中运行 sudo port install netpbm。

下载与安装 MNE-C#

MNE-C 以压缩 tar 归档（.tar.gz）或 macOS 磁盘映像（.dmg）的形式发布。MNE-C 下载页面要求使用有效电子邮箱地址注册。当前稳定版本为 2.7.3；下载页面上还提供开发版本的“nightly”构建。

如需从压缩 tar 归档安装，请先切换到目标安装目录，然后使用 tar 解包软件：

$ cd <path_to_desired_install_location>
$ tar zxvf <path_to_archive_file>

如需从 macOS 磁盘映像安装，请双击下载的 .dmg 文件。在打开的窗口中双击安装程序包文件（.pkg）以启动安装程序，并按提示操作。在较新版本的 macOS 中，如果出现“应用来自未受信任的开发者”的错误提示，可以在电脑“系统偏好设置”的“安全性与隐私”面板中选择仍然打开，以绕过该警告。

配置 MNE-C#

MNE-C 需要手动定义两个环境变量：

MNE_ROOT 应给出 MNE-C 安装所在文件夹的路径
MATLAB_ROOT 应给出 MATLAB 可执行文件的路径（例如 /opt/MATLAB/R2018b 或类似路径）。如果没有 MATLAB 或 MATLAB runtime，请将 MATLAB_ROOT 保持为未定义。

其他环境变量由 MNE-C 随附的 setup 脚本定义。你可以在每次使用 MNE-C 时运行该 setup 脚本，或者（推荐）配置 shell，使其在每次打开终端时自动运行。对于 bash 兼容的 shell（例如 sh/bash/zsh），需要 source 的脚本是 $MNE_ROOT/bin/mne_setup_sh。对于 C shell（例如 csh/tcsh），需要 source 的脚本是 $MNE_ROOT/bin/mne_setup。如果不确定自己使用的是哪种 shell，可以运行以下命令查看：

$ echo $SHELL

要为 bash 或 sh shell 自动配置 MNE-C，请将以下内容添加到 .bashrc 中：

export MNE_ROOT=<path_to_MNE>
export MATLAB_ROOT=<path_to_MATLAB>
source $MNE_ROOT/bin/mne_setup_sh

其中 <path_to_MNE> 和 <path_to_MATLAB> 分别替换为 MNE-C 和 MATLAB 的绝对路径。如果没有 MATLAB，仍应保留 export MATLAB_ROOT= 语句，但将 <path_to_MATLAB> 留空。

要为 zsh 自动配置 MNE-C，请在 .zshrc 文件中使用内置的 emulate 命令：

export MNE_ROOT=<path_to_MNE>
export MATLAB_ROOT=<path_to_MATLAB>
emulate sh -c 'source $MNE_ROOT/bin/mne_setup_sh'

要为 csh 或 tcsh shell 自动配置 MNE-C，.cshrc / .tcshrc 文件中对应的命令为：

setenv MNE_ROOT <path_to_MNE>
setenv MATLAB_ROOT <path_to_MATLAB>
source $MNE_ROOT/bin/mne_setup

如果配置正确，在新打开的终端中运行 ls $MNE_ROOT/bin/mne_setup_sh 应当成功。

测试 MNE-C 安装#

验证 MNE-C 安装是否正常工作的一个简便方法是测试 OpenGL 图形性能：

$ $MNE_ROOT/bin/mne_opengl_test

该命令会反复渲染一个膨胀的大脑表面，并在每次重绘之间绕 z 轴旋转 5 度。每完成一整圈所需的时间会打印到调用 mne_opengl_test 的那个终端窗口中。请将焦点切换到该终端窗口，并使用中断键（通常是 control-c）停止测试。

当 MNE-C 渲染到启用了硬件加速的计算机的本地显示器时，图形性能最佳。mne_analyze 图形界面的 Help 菜单中有一个“On GLX…”菜单项；如果 GLX 对话框显示“Direct rendering context”，说明正在使用硬件加速。如果你渲染到本地显示器却看到“Nondirect rendering context”，建议启用硬件加速（可向搜索引擎或本单位的 IT 支持人员寻求帮助）。如果你渲染到远程显示器或使用 VNC 连接，出现“Nondirect rendering context”是正常现象。

在最快的显卡上，mne_opengl_test 中每圈所需的时间远低于 1 秒。如果每圈时间超过 10 秒，则可能是图形硬件加速未生效，或者你需要更快的显卡。

MNE-C 安装故障排查#

如果 MNE-C 找不到 libxp.so.6，你需要从原作者处获取该软件包（https://launchpad.net/%7Ezeehio/+archive/ubuntu/libxp）并安装：

$ sudo add-apt-repository ppa:zeehio/libxp
$ sudo apt install libxp6

如果 MNE-C 找不到 libgfortran.so.1，通常可以安全地将该文件名链接到系统自带的当前 libfortran 版本。在典型的 64 位 Ubuntu 类系统上，可通过以下操作完成：

$ cd /usr/lib/x86_64-linux-gnu
$ sudo ln -s libgfortran.so.1 $(find . -maxdepth 1 -type f -name libgfortran.so*)

如果在安装 MNE-C 时遇到其他错误，请到 MNE Forum 发帖说明。